В связи с обвинением в причастности к взрыву Кремля специального агента Итана Ханта отстраняют и ликвидируют его команду. Оставшись без поддержки, он должен найти способ предотвратить новую катастрофу. Всё осложняется тем, что выполнить эту миссию ему должна помочь ликвидированная группа спецагентов, истинные мотивы которых не известны. Том Круз возвращается в главной роли Итана Ханта и присоединяется к международной команде актёров - Владимира Машкова, Джереми Реннера, Саймона Пегга, Полы Пэттон, Майкла Ньюквиста, Джоша Холлоуэя, Анила Капура и Леи Сейду. Изначально перевод названия фильма на русский язык "Миссия невыполнима: Протокол Фантом" звучал как "Призрачный протокол".